В письме от 29 октября 2015 г. N 17-4/В-530 Минтруд рассмотрел вопрос о взносах, когда между грантодателем, грантополучателем (научным коллективом в лице руководителя проекта) и организацией заключен трехсторонний договор. По условиям договора грантодатель направляет средства гранта для выполнения работ по проекту на счет организации, которая производит расчеты с грантополучателем, в частности, выплачивает (перечисляет) денежные средства грантополучателю на компенсацию его трудозатрат.

Если организация производит выплаты физлицам, которые состоят с ней в трудовых отношениях или заключили гражданско-правовые договоры на выполнение работ, оказание услуг, то суммы выплат (за исключением поименованных в статье 9 закона N 212-ФЗ), независимо от источника их финансирования, в том числе за счет средств полученного гранта, подлежат обложению взносами.

Если выплаты за счет средств гранта производятся грантодателем в пользу грантополучателя - физлица, которое не состоит в трудовых отношениях и не заключило ГПД с грантодателем, то объектом обложения взносами такие суммы не признаются.