В ходе выездной проверки ИФНС направила компании требование о предоставлении документов: книг покупок, счетов-фактур, товарных накладных, первичных документов, документов, подтверждающих постановку на учет приобретенных товаров, работ, услуг. Компания документы не представила, и инспекция применила расчетный метод исчисления налогов, предусмотренный подпунктом 7 пункта 1 статьи 31 НК, рассчитав налог на основании данных об операциях по расчетному счету компании и сведений, полученных в рамках встречных проверок контрагентов налогоплательщика. В результате компании был доначислен НДС, пени и штраф.

Компания обратилась в УФНС, представив выписки из книги покупок по конкретным поставщикам, копии актов сдачи-приемки выполненных работ, товарных накладных, счетов-фактур в отношении контрагентов компании (но не весь пакет документов). Жалоба была оставлена без удовлетворения.

Затем компания подала в суд (дело № А12-14650/2015), представив весь пакет документов.

Суды трех инстанций отказали в удовлетворении требований, установив, что книги покупок не содержали подписи лица, их составившего, сформированы нарастающим итогом, а не поквартально, не указаны итоговые суммы НДС по ставке 10 и 18 процентов. Итоговые показатели книги покупок не соответствуют показателям, указанным в налоговых декларациях.

Суды (постановление кассации Ф06-4789/2015 от 27.01.2016) отметили, что представляя полный пакет документов для подтверждения налоговых вычетов непосредственно в суд, компания не обосновала невозможность их представления в период проведения выездной проверки и в вышестоящий налоговый орган, а также не указала объективных причин для представления документов непосредственно в суд.