В письме от 28.12.2015 № БС-4-11/23129 ФНС напомнила, что налоговые агенты, начиная с отчетного периода первого квартала 2016 года, обязаны ежеквартально представлять в налоговые органы по месту своего учета расчет по форме 6-НДФЛ.

Расчет по форме 6-НДФЛ заполняется на отчетную дату, соответственно, на 31 марта, 30 июня, 30 сентября, 31 декабря соответствующего налогового периода.

В разделе 2 расчета по форме 6-НДФЛ за соответствующий отчетный период по строкам 100 - 140 отражаются только те операции, которые произведены именно в этом отчетном периоде. Операции, произведенные в предыдущие отчетные периоды, в данном разделе не отражаются.

Российские организации, имеющие обособленные подразделения, представляют расчет в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений. Крупнейшие налогоплательщики представляют расчет, в том числе в отношении работников обособленных подразделений, в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика либо в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению (отдельно по каждому обособленному подразделению).

Организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. При этом глава 23 "Налог на доходы физических лиц" НК не содержит норм, предоставляющих налоговым агентам, имеющим обособленные подразделения, самостоятельно выбирать обособленное подразделение, через которое производилось бы перечисление налога и, соответственно, представление расчета по форме 6-НДФЛ.

Поэтому расчет по форме 6-НДФЛ заполняется налоговым агентом отдельно по каждому обособленному подразделению независимо от того, что состоят данные обособленные подразделения на учете в одном налоговом органе.