В письме от 03.12.15 № 03-03-06/1/70529 Минфин сообщил, что согласно пункту 8 статьи 265 НК расходы на ликвидацию выводимых из эксплуатации основных средств, включая суммы недоначисленной амортизации, включаются в состав внереализационных расходов по объектам, по которым амортизация начисляется линейным методом. Объекты, по которым амортизация начисляется нелинейным методом, выводятся из эксплуатации в порядке, установленном пунктом 13 статьи 259.2 НК.

В случае ликвидации части объекта ОС сумма недоначисленной амортизации по ликвидируемой части объекта также подлежит включению в состав внереализационных расходов на основании пункта 8 статьи 265 НК при использовании линейного метода.

При ликвидации части объекта, амортизация по которому начислялась нелинейным методом, сумма недоначисленной амортизации будет продолжать списываться в рамках суммарного баланса соответствующей амортизационной группы (подгруппы), поскольку в соответствии с подпунктом 13 статьи 259.2 НК при ликвидации выводимого из эксплуатации ОС, амортизация по которому начисляется нелинейным методом, налогоплательщик исключает данный объект из состава амортизационной группы (подгруппы) без изменения ее суммарного баланса на дату вывода этого объекта амортизируемого имущества из ее состава.