ОАО (заказчик) и ЗАО (исполнитель) заключили договор на выполнение работ, согласно которому стоимость работ включает в себя НДС по ставке 18%.

После выполнения работ и их оплаты ОАО заявило вычет в налоговой декларации по НДС, представив в подтверждение договор, акты приемки, счета фактуры, платежные поручения.

По результатам выездной проверки ИНФС отказала в вычете, доначислила НДС, пени и штраф, указав, что научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, которые выполнены ЗАО для ОАО, не подлежат обложению НДС на основании подпункта 16 пункта 3 статьи 149 НК.

Суды трех инстанций (дело № А11-10797/2014) признали решение инспекции недействительным, указав на пункт 5 статьи 173 НК, в соответствии с которым сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется лицами, не являющимися налогоплательщиками налога, освобожденными от его уплаты, или в отношении операций, которые не подлежат налогообложению, в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога. Такой счет-фактура в случае, если выполненные работы не облагаются налогом, является основанием для вычетов НДС.

Кассация (Ф01-5042/2015 от 14.12.2015) отметила: «документы, представленные в подтверждение заявленного вычета по налогу на добавленную стоимость, соответствуют требованиям налогового законодательства, … отсутствуют доказательства, опровергающие факты исчисления, отражения в книге продаж и уплаты в бюджет контрагентом налога на добавленную стоимость, выделенного в счетах-фактурах, выставленных налогоплательщику».

Аналогичное мнение суды высказывали и ранее. Противоположную позицию высказывал в 2013 году Минфин (настаивая на неправомерности вычетов по счетам-фактурам, составленным, по мнению ведомства, с нарушением). Также напомним, что в случае операций, облагаемых НДС по ставке 0%, по счету-фактуре с выделенным по другой ставке налогом суды, включая ВС, вычет не разрешают.