В ходе выездной проверки ИФНС выставила компании требование о представлении документов. Компания требование в установленный срок не выполнила, в силу чего инспекция применила расчетный метод определения налоговых обязательств, доначислила налог на прибыль, пени и штраф, в том числе за непредставление документов.

Впоследствиии первичные документы были восстановлены налогоплательщиком и представлены в налоговый орган до окончания выездной проверки.

Суды трех инстанций (дело № А27-17199/2014) признали решение инспекции недействительным (кроме штрафа за непредставление документов), указав, что обстоятельства, позволяющие инспекции при определении налоговых обязательств применить расчетный метод, предусмотренный подпунктом 7 пункта 1 статьи 31 НК, в данном случае отсутствуют.

Суды выяснили, что на момент составления акта по проверке инспекция располагала необходимыми документами, которые не были учтены. Представленные компанией документы насчитывали более 600 листов, вместе с тем, выводы инспекции основаны на гораздо меньшем объеме бумаг и не содержат данных по контрагентам, указанным в представленных компанией документах.

Суды (постанволение кассации Ф04-23545/2015 от 18.09.2015) учли, что после представления документов и составления акта проверки инспекцией принято решение о проведении дополнительных мероприятий налогового контроля, однако их результаты не отражены в решении инспекции.