В 3 квартале 2010 года ООО «З» передало ООО «А» имущество в качестве вклада в уставной капитал. ООО «З» частично восстановило НДС по переданному имуществу, а ООО «А» заявило вычет в налоговой декларации по НДС.

По результатам выездной проверки ООО «А» ИФНС отказала в вычете, доначислила НДС, пени и штраф.

В ходе выездной проверки ООО «З» инспекция установила взаимозависимость компаний через одного учредителя, а также то, что спорное имущество было приобретено ООО «З» в 2008 году в период применения ЕСХН. 

Суды трех инстанций (дело № А03-21262/2014) по заявлению, поданному  ООО «А», признали решение инспекции законным, указав на пункт 8 статьи 346.3 НК, который запрещает вычет по товарам (работам, услугам), приобретенным в период применения ЕСХН. Таким образом, у ООО «З» отсутствовала обязанность по восстановлению налога в периоде передачи имущества, а истец не имел права принять к вычету данную сумму налога.

Суды также выяснили, что ООО «З» ранее пыталось заявить этот НДС к вычету в 1 квартале 2010 года, но получило отказ. В результате суды пришли к выводу о применении незаконной схемы ухода от налогообложения, выразившейся в выведении имущества из ООО «З» после отказа последнему в налоговых вычетах. По мнению судов (постановление кассации Ф04-23348/2015 от 18.09.2015), фактической целью передачи имущества в уставный капитал ООО «А» являлась необоснованная налоговая выгода в виде вычета.

Ссылка истца на то, что ООО «З» на момент вынесения решения утратило возможность возвратить излишне восстановленный НДС как переплату ввиду пропуска срока, суды отклонили, как не влияющую на решение.