ООО приобрело у ЗАО недвижимое имущество вместе с оборудованием и инженерными сетями. В декабре 2010 года имущество было передано ООО и принято им на учет в качестве основных средств. ЗАО выставило счет-фактуру на всю сумму, однако НДС по ней заявлялся к вычету не единовременно в налоговой декларации за 4 квартал 2010 года, а по частям в декларациях, представленных за налоговые периоды с 4 квартала 2010 года по 1 квартал 2013 года. Оставшаяся сумма затем была заявлена в уточненной налоговой декларации за 4 квартал 2010 года, представленной в ИНФС в декабре 2013 года - в пределах трехлетнего срока, установленного пунктом 2 статьи 173 НК.

По результатам камеральной проверки инспекция отказала в вычетах, указав, что право на вычет сумм налога частями в разных налоговых периодах не предусмотрено порядком применения НДС, действовавшим до вступления в силу положений федерального закона от 29.11.2014 № 382-ФЗ.

Суды трех инстанций (дело № А12-38088/2014) отменили решение инспекции, разъяснив, что статья 172 НК, определяющая порядок применения вычетов, не исключает возможности вычета НДС за пределами налогового периода, в котором основные средства оплачены и поставлены на учет. Обязательным условием для применения налогового вычета является соблюдение трехлетнего срока, установленного пунктом 2 статьи 173 НК.

Возможность реализации налогоплательщиком права на вычет сумм НДС частями в разных налоговых периодах также подтверждена позицией ВАС в постановлении от 15.06.2010 № 2217/10.

Довод инспекции о том, что ЗАО не уплатило НДС в бюджет, в связи с чем источник возмещения налога из бюджета не сформирован, отклонен судами (постановление кассации Ф06-24390/2015 от 10.06.2015). Нарушение контрагентом налогоплательщика своих налоговых обязанностей не является доказательством получения налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды. При этом контроль за исполнением обязанности по уплате НДС в бюджет возложен на налоговые органы.