По результатам камеральной проверки декларации по НДС инспекция отразила в акте проверки сумму доначислений в размере 179 тысяч рублей. В ходе мероприятий дополнительного контроля инспекция установила, что компания не восстановила НДС в связи с получением бюджетных средств субсидии на возмещение части затрат на оплату первого взноса по договорам лизинга транспортных средств. При этом в акте проверки невосстановление НДС не вменялось компании в качестве налогового правонарушения, указано только на установление факта перечисления субсидии субъекту малого предпринимательства.

В решении по проверке (после допмероприятий) сумма доначислений была увеличена на 106 тысяч рублей и составила 287 тысяч.

Суды трех инстанций (дело № А34-4179/2014) разъяснили, что дополнительные мероприятия налогового контроля могут быть направлены только на сбор дополнительных доказательств, касающихся выявленных в ходе проверки правонарушений, но не на выявление новых правонарушений. 

В данном случае, в ходе проверки инспекция не установила факт правонарушения, влекущий доначисление 106 тысяч. Из текста решения также не следует, что допмероприятия проводились с целью подтверждения факта неуплаты НДС в связи с его невосстановлением в результате получения субсидий. 

Следовательно, по мнению судов (постановление кассации Ф09-1928/2015 от 29.05.2015) решение, основанное на данном акте проверки, не соответствует статьи 101 НК, в связи с чем доначисление 106 тысяч рублей является незаконным.