По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании НДС, пени и штраф, указав на неправомерность неотражения выручки на сумму 33,3 млн рублей за 2010 - 2011 годы, что подтверждается несоответствием данных книг продаж с данными налоговых деклараций по НДС за 2010 – 2011 годы.

В ходе проверки инспекция выставила компании требование о предоставлении пояснений по поводу расхождений. Компания пояснила, что расхождения связаны с некомпетентностью бухгалтерии при использовании 1С:Бухгалтерия Проф, в связи с чем в налоговый орган были представлены неправильно заполненные налоговые декларации по НДС. После обнаружения данных ошибок компания внесла соответствующие исправления в регистры бухгалтерского и налогового учета. Представители фирмы пояснили, что ошибки касались операций не только по реализации, но и по приобретению товаров (работ, услуг). Были представлены документы, подтверждающие дополнительные вычеты. Эти документы при вынесении решения инспекцией учтены не были, в результате чего компания обратилась в суд (дело № А41-14215/2014).

Суд первой инстанции признал решение инспекции недействительным, указав, что при проведении выездной проверки инспекция обязана установить действительную налоговую обязанность налогоплательщика, то есть учесть представленные документы, подтверждающие право на вычет и уменьшить указанные в решении доначисления на сумму указанных вычетов.

Апелляция отменила его решение, указав, что применение налоговых вычетов по НДС является правом налогоплательщика, носит заявительный характер посредством их декларирования. При этом наличие у налогоплательщика документов, подтверждающих, по его мнению, право на применение налоговых вычетов, без соответствующего декларирования не является основанием для уменьшения налога к уплате. По мнению суда, в данном случае, налогоплательщик фактически возлагал на налоговый орган свою обязанность по заполнению всех граф налоговой декларации.

Кассация оставила в силе решение суда первой инстанции, указав на пункт 4 статьи 89 НК, в соответствии с которым предметом выездной проверки является проверка правильности исчисления и своевременности уплаты налогов в рамках проверяемого периода. По мнению суда, выявив в ходе проверки неправильное исчисление налога, инспекция должна установить, привело ли это нарушение к его неполной уплате.

В решении суда (АС Московского округа Ф05-5339/2015 от 26.05.2015) указано: «непредставление уточненных налоговых деклараций также не освобождает инспекцию от ее обязанностей».

Следует отметить, что 15 июня 2015 года опубликовано определение судьи ВС по делу № А10-5130/2013 с противоположной  позицией. Компания представила документы, подтверждающие дополнительные вычеты с возражениями на акт проверки. При вынесении решения инспекция их не учла. Апелляция, окружной арбитражный суд (АС Восточно-Сибирского округа) и судья ВС признали решение инспекции законным, указав, что наличие документов, подтверждающих право на вычет, не заменяет его декларирования.