По результатам выездной проверки ИФНС установила, что компанией была неверно заполнена книга продаж за 4 квартал 2011 года, в результате чего занижена налоговая база. Инспекция доначислила НДС, пени и штраф.

С возражениями на акт проверки компания представила счета-фактуры, подтверждающие право на налоговые вычеты в большем относительно заявленного размере. Однако инспекция не приняла их во внимание и учла при начислении налога только вычеты, заявленные в декларации.

Компания обратилась в суд (дело № А10-5130/2013) полагая, что у инспекции имелись все необходимые документы для определения действительного налогового обязательства налогоплательщика.

Суд первой инстанции поддержал налогоплательщика.

Апелляция и окружной арбитражный суд отменили его решение, указав, что наличие документов, подтвержлающих налоговый вычет, не заменяет его декларирования. При этом недекларирование налоговых вычетов не лишает налогоплательщика права на их применение в последующем.

Судья ВС (302-КГ15-5774 от 15.02.2015) согласился с выводами судов, отметив: «само по себе наличие у налогоплательщика права на применение налоговых вычетов без отражения (указания, заявления) суммы налоговых вычетов в налоговой декларации не является основанием для уменьшения подлежащего уплате в бюджет по итогам налогового периода налога на добавленную стоимость; наличие документов, обуславливающих применение налоговых вычетов по налогу на добавленную стоимость, не заменяет их декларирования».

Компании отказано в передаче дела в коллегию по экономическим спорам.