Между ООО «К» и ООО «Х» был заключен договор подряда, работы по которому были выполнены в 4 квартале 2008 года. На их оплату ООО «Х» выставило счет-фактуру от 27.10.2008. Оплата произведена безналичным путем.
Однако при приемке работ ООО «К» выявило недостатки, в связи с чем некоторые работы, указанные в счете-фактуре, не были приняты, и акты выполненных работ на указанную сумму не были подписаны со стороны ООО «К». Между сторонами данного договора возник спор относительно объема и качества выполненных подрядных работ. В рамках судебного разбирательства проведена судебная строительно-техническая экспертиза и установлены объем и стоимость фактически выполненных подрядных работ, затем в январе 2010 года утверждено мировое соглашение.
Факт приема выполненных работ в объемах, установленных в судебном разбирательстве, оформлен актом КС-2 от 19.02.1010 и справкой КС-3 от 19.02.2010. Спорные работы были оприходованы в 4 квартале 2012 года. ООО «Х» выставило счет-фактуру от 19.02.2010 на меньшую, чем в счете-фактуре от 27.10.2008 сумму.
Исправленный счет-фактура от имени ООО «К» подписан лицом, занимавшим должность директора до сентября 2008 года, то есть в период выполнения спорных работ, и отражен ООО «К» в налоговой декларации по НДС за 4 квартал 2012 года.
По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в вычетах по указанному счету-фактуре, поскольку фактически работы были выполнены в октябре 2008 года, и в 4 квартале 2012 года истек срок давности, предусмотренный статьей 173 НК. По мнению инспекции, в случае корректировки неверно выставленного счета-фактуры скорректированный счет-фактура должен быть оформлен на момент, когда возникло право на вычет НДС, при этом действующим законодательством не предусмотрено право выставления счета-фактуры повторно, и компания должна исправить счет-фактуру от 27.10.2008, а не выписывать новый. Кроме того, исправленный счет-фактура неправомерно подписан от имени ООО «К» лицом, которое на момент его подписания не являлось директором.
Суд первой инстанции (дело № А76-1081/2014) согласился с выводами инспекции, признав решение законным.
Апелляция отменила его решение, указав, что право на возмещение НДС возникло у налогоплательщика в 1 квартале 2010 года, когда по результатам проведенной экспертизы определены объемы выполненных ООО «Х» работ, их реальная стоимость, заключено мировое соглашение, подписаны первичные документы, необходимые для оприходования подрядных работ.
По мнению суда, факт выставления счета-фактуры не является достаточным основанием для права на вычет НДС - необходимо, чтобы товары (работы, услуги) были налогоплательщиком приняты и оприходованы на основании первичных учетных документов. Именно с того налогового периода, в котором возникла вся совокупность указанных выше условий для применения вычета, и подлежит исчислению трехлетний срок на возмещение НДС.
В данном случае первичные документы по спорной операции подписаны в 1 квартале 2010 года. При этом право на возмещение НДС из бюджета за 1 квартал 2010 года правомерно реализовано компанией в более позднем налоговом периоде, в пределах трехлетнего срока, установленного пунктом 2 статьи 173 НК - в 4 квартале 2012 года. Кассация (Ф09-9289/2014 от 23.01.2015) согласилась с выводами апелляции.
Подписание счета-фактуры прежним директором суды также признали правомерным, поскольку в момент выполнения работ именно он являлся директором компании.