В письме от 01.12.2014 № 03-04-06/61300 Минфин напомнил определение дистанционной работы в соответствии со статьей 312.1 Трудового кодекса. Такая работа производится вне какого-либо подразделения работодателя и вне стационарного рабочего места, контролируемого работодателем. Признаков наличия обособленного подразделения при дистанционной работе не имеется.

В соответствии с пунктом 7 статьи 226 НК совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе.

Организация, производящая выплаты работнику, работающему дистанционно, по заключенному с ним договору, признается налоговым агентом в отношении таких доходов работника и, соответственно, должна исполнять обязанности по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет НДФЛ. При этом налог должен быть перечислен в бюджет по месту учета такой организации в налоговом органе.