ООО «А» учло в расходах и заявило налоговые вычеты по операциям с ООО «С» (перевозка оборудования, погрузочно-разгрузочные работы). В подтверждение ООО «А» представило счета-фактуры, акты об оказании услуг, транспортные накладные, отрывные талоны к путевым листам, а также документы по погрузочно-разгрузочным работам (счета-фактуры, акты выполненных работ, справки формы ЭСМ-7).

По результатам выездной проверки ИФНС сочла часть документов оформленными с нарушениями, указала на документальную неподтвержденность расходов и отсутствие оснований для возмещения НДС

Налоговый орган указал, что в товарно-транспортных, транспортных накладных и отрывных талонах к путевым листам заполнены не все реквизиты. В частности, не полностью указан или не указан госномер транспортного средства, номер удостоверения водителя, перевозившего груз, или вид перевозки. Кроме того, во многих товарно-транспортных накладных ООО «А» указано в качестве пункта погрузки и пункта разгрузки.

Инспекция произвела выемку документов и отказала ООО «А» в удовлетворении запроса о предоставлении подлинников документов для внесения в них исправлений. Инспекция представила компании только копии, в которые совместно с контрагентом налогоплательщик внес необходимые исправления. УФНС, признавая решение ИФНС законным, указало на недопустимость дополнения документов новыми реквизитами.

Суды трех инстанций (дело № А27-17853/2013) признали недействительным решение инспекции, указав, что она не доказала недобросовестность компании и направленность ее действий на получение необоснованной налоговой выгоды.

Суды отмечают, что допущенные сторонами исправления свидетельствуют о небрежности оформления первичных документов, но не опровергают реальность хозяйственных операций. Доказательств того, что доставка грузов не выполнялась, либо осуществлялась на иные расстояния, инспекция не представила.

В решении кассации (Ф04-12919/2014 от 11.12.2014) сказано: «действующее законодательство не содержит запрета на корректировку транспортных, товарно-транспортных накладных; исправления в первичные учетные документы (за исключением кассовых и банковских) могут вноситься по согласованию с участниками хозяйственных операций, что должно быть подтверждено подписями тех же лиц, которые подписали документы, с указанием даты внесения исправлений». Учитывая, что в данном случае подлинники документов инспекцией не возвращены, налогоплательщик правомерно внес исправления в их копии.

Суды отметили, что инспекция отклонила только часть документов по взаимоотношениям с ООО «С», не признав контрагента проблемным или недобросовестным.