Компания подала уточненную декларацию по НДС (корректировка 1) за 1 квартал 2012 года, заявив к возмещению из бюджета 3,2 млн рублей. По результатам камеральной проверки инспекция уменьшила заявленный к возмещению налог на 3,1 млн рублей.

За месяц до вынесения решения, но уже после получения акта проверки компания направила новую уточненную декларацию (корректировка 2), данные которой не были учтены при вынесении решения.

Суды первой и апелляционной инстанции (дело № А81-6217/2013), признавая недействительным решение инспекции, указали на нарушение положений статьи 88 НК, по которым, если до окончания камеральной проверки налогоплательщик представил уточненную декларацию, то проверка прекращается и начинается новая - на основе уточненной декларации. При этом документы, полученные в рамках прекращенной проверки, могут быть использованы при проведении дальнейших мероприятий налогового контроля.

Кассация ( Ф04-11230/2014 от 08.12.2014) не согласилась с их выводами, указав: «непрекращение Инспекцией действий по оформлению результатов проведенной камеральной налоговой проверки при представлении налогоплательщиком уточненной налоговой декларации после получения им акта проверки не является безусловным основанием для признания решения налогового органа недействительным».

Поскольку выводы инспекции о получении компанией необоснованной налоговой выгоды являлись следствием исследования документов, представленных самим налогоплательщиком, то нельзя признать, что нарушение прав налогоплательщика состояло в установлении его неправомерных действий, считает коллегия судей.

Несмотря на несогласие с выводами судов, кассация оставила в силе их решение, поскольку в данном деле инспекцию не обязывали возместить из бюджета указанную сумму, а реальные налоговые обязательства компании были установлены в рамках другого дела с учетом еще одной уточненки (корректировка 3).