Российский союз промышленников и предпринимателей (РСПП) предложил контролировать трансфертные цены только по наиболее рискованным сделкам. РСПП направил в администрацию президента альтернативный минфиновскому законопроект о контроле за трансфертными ценами (цена, определяемая путем искусственного ее установления между родственными организациями), разработанный Финансовой академией. В документе предлагается контролировать внешнеэкономические сделки от миллиона рублей, при этом одной из сторон сделки должна быть компания с оборотом от миллиарда рублей. Подобные сделки внутри России предлагается контролировать, если одна из сторон зарегистрирована в регионе с пониженной ставкой налога на прибыль.

Минфин предлагает дополнить Налоговый кодекс новым разделом, который установит широкий перечень операций, по которым налоговики смогут доначислять налоги в случае, если цены сделки будут определены ими как нерыночные. Эксперты отмечают, что проект РСПП ограничит контроль государства, но позволит не тратить усилия на небольшие сделки.

В сопроводительном письме глава РСПП Александр Шохин пишет, что подготовленный Минфином проект, который должен быть рассмотрен правительством 22 ноября 2007 года, "не вполне соответствует" задачам, поставленным президентом Владимиром Путиным в его бюджетных посланиях. Президент поручал подготовить механизм контроля за внешнеэкономическими сделками, а Минфин готов распространить новые правила на все внутренние сделки с использованием трансфертных цен. Минэкономразвития не согласовало проект Минфина.