В период с 2009 года по 3 квартал 2011 года по результатам представленных компанией первичных и уточненных налоговых деклараций инспекцией были приняты решения о возмещении НДС. Однако по результатам выездной проверки инспекция уменьшила ранее предъявленный к возмещению НДС, доначислила налог, пени в размере 16,8 млн рублей и штраф.

Компания оплатила задолженность 24 мая 2011 года и обратилась в инспекцию с заявлением о возврате пени. Инспекция уведомила компанию о частичном возврате переплаты по пени, числящейся в карточке расчетов с бюджетом.

Считая свои права нарушенными, компания обратилась в суд (дело № А40-56991/2013).

Суды первой и апелляционной инстанции удовлетворили требование компании, указав, что возмещение НДС в завышенных размерах не свидетельствует о наличии у налогоплательщика недоимки перед бюджетом, позволяющей инспекции начислять пени. Размер налоговых вычетов за периоды начисления пеней с 20 апреля 2009 года по 10 ноября 2011 года многократно превышал сумму налога, исчисленную к уплате, поэтому частичный отказ в возмещении не мог привести и не привел к возникновению обязанности по уплате налога в бюджет.

Окружной арбитражный суд (кассация) отменил их решение, указав, что суммы НДС, восстановленные к уплате по результатам выездной проверки, ранее незаконно возмещенные инспекцией, являются недоимкой, на которую следует начислять пени.

Компания обратилась в ВАС с заявлением о пересмотре дела в порядке надзора, и дело было передано в президиум ВАС. Однако в связи с судебной реформой надзорное производство было передано в заседание Судебной коллегии по экономическим спорам ВС.

ВС, проведя заседание по делу, оставил в силе решение окружного арбитражного суда. По мнению суда, излишне возмещенный налог сформировал задолженность компании перед бюджетом с момента проведения такого возврата, что влечет начисление пени для компенсации потерь бюджета.

Кроме того, суд применил к спорным периодам новую недавно вступившую в силу норму. В частности, законом 248-ФЗ от 23.07.2013 внесены дополнения в статью 101 НК, в соответствии с которыми налоговому органу предписывается в решении признавать суммы налога, излишне возмещенные на основании решения о возмещении, недоимкой по налогу со дня фактического получения налогоплательщиком средств или со дня принятия решения о зачете суммы налога, заявленной к возмещению.