По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании НДС, налог на имущество, пени и штрафы. Налоговики учли, что приобретенное оборудование (основные средства), по которому были заявлены налоговые вычеты, установлено и использовалось только для производства продукции одним из цехов, продукция которого лишь частично подлежит налогообложению НДС. Учитывая, что данное оборудование не используется в процессе основного производства, компания, по мнению инспекции, была вправе распределить входной НДС, уплаченный при его приобретении, только по сумме реализации продукции данного цеха, а не по выручке компании в целом.

Суды трех инстанций (дело № А26-8863/2013) не согласились с выводами инспекции и признали ее решение недействительным, указав на положения учетной политики компании в рассматриваемом периоде. 

Согласно учетной политике суммы вычета определяются пропорционально стоимости товаров, отгруженных за отчетный период и облагаемых НДС, в общей стоимости товаров, отгруженных за налоговый период. По основным средствам, используемым в облагаемых и не облагаемых операциях – сумма НДС подлежит вычету в пропорции, определяемой исходя из стоимости отгруженных товаров, которые подлежат налогообложению, в общей стоимости товаров, отгруженных за налоговый период. Остальная часть подлежит включению в стоимость основного средства.

Аналогично по смыслу пункта 4 статьи 170 НК суммы НДС принимаются к вычету либо учитываются в стоимости товаров в пропорции, определяемой исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения), в общей стоимости товаров (работ, услуг), отгруженных за налоговый период в целом, а не по конкретному цеху.

Имеется в виду именно стоимость отгруженной продукции по компании в целом, а не какой-либо ее части (в данном случае по цеху). Поскольку доначисление НДС инспекция произвела неправомерно (в результате неправильно определенной пропорции), то компанией не было допущено занижения налоговой базы и по налогу на имущество организаций.