В соответствии с письмом Минфина России от 09.10.2007 № 03-07-11/464, от налогообложения НДС освобождаются операции по реализации научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполняемых учреждениями образования и научными организациями, независимо от источника их оплаты. 

В указанном письме приводится ссылка на положения подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ. По данному нормативу реализация научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполняемых учреждениями образования и научными организациями, освобождается от обложения НДС независимо от источника оплаты.