В 2010 году ООО «А» занималось реализацией ГСМ через сеть АЗС. Для этого ею (как комиссионером) был заключен договор комиссии с ООО «С» (комитентом) на реализацию ГСМ от своего имени, но за счет комитента за вознаграждение. При этом ООО «С» также выступало комиссионером в договоре на поставку ГСМ от ООО «М».

Договором между ООО «А» и ООО «С» было предусмотрено, что товары, поступившие от комитента к комиссионеру, являются собственностью комитента. ООО «А» отразило выручку от реализации ГСМ в декларации по налогу на прибыль в размере 27,6 млн рублей. По результатам выездной налоговой проверки инспекция доначислила НДС, налог на прибыль, пени и штраф, указав, что компания отразила не всю выручку от реализации ГСМ, не учтя 64,1 млн рублей.

После получения акта проверки компания представила уточненные декларации по налогу на прибыль за 2010 год и по НДС за 1, 2, 3, 4 кварталы 2010 года. Выручка, полученная в 2010 году, была увеличена на 64,1 млн рублей. Компания пояснила, что поскольку налоговики включили в доходы выручку комитента, она вынуждена переквалифицировать договор комиссии в договор купли-продажи, заключив допсоглашение 5 ноября 2012 года.

Уточненными декларациями компания также заявила расходы на приобретение ГСМ у ООО «С», а суммы НДС со стоимости ГСМ включила в состав вычетов.

Инспекция установила отсутствие документов, подтверждающих поступление и списание ГСМ, актов инвентаризации остатков ГСМ на начало и на конец 2010 года, неподтверждение операций при выездной проверке ООО «С», взаимозависимость ООО «А», «С» и «М». В результате ИФНС исключила из расходов и вычетов по НДС суммы по операциям с ООО «С».

Суды трех инстанций (дело № А81-3634/2013) согласились с выводами инспекции. ООО «А» не доказало приобретение спорных ГСМ именно у ООО «С», не представило надлежащих документов, подтверждающих расходы. Однако, учитывая наличие товара, инспекция обязана была определить расходы расчетным путем на основании подпункта 7 пункта 1 статьи 31 НК.

Поскольку вычеты НДС расчетным путем не определяются, в этой части решение признано правомерным.

Принимая во внимание переквалификацию договора комиссии на договор купли-продажи, суды указали компании на необходимость доказать не только поставку товара, но и оплату в адрес ООО «С». Представленные ООО «А» платежные поручения не подтверждают перечисление денежных средств за ГСМ в адрес ООО «С», поскольку адресованы третьим лицам, по договорам с которыми ООО «С» выступало комиссионером.

Кроме того, учитывая, что переквалификация договора произошла в 2012 году, суды отметили, что платежи, которые были осуществлены в 2010 году по имеющимся платежным поручениям, не могут подтверждать расходы на приобретение ГСМ в 2010 году. В книге продаж ООО «С» ООО «А» не числится покупателем в 2010 году, а выручка от реализации покупных товаров ООО «С» меньше размера полученной выручки от ООО «А».