Иностранная компания создала на территории РФ филиал и заключила с ООО договор по оказанию широкого спектра консультационных и инжиниринговых услуг, призванных модернизировать и усовершенствовать производимую ООО продукцию, повысив тем самым эффективность ее работы.

С соответствии с условиями договора ООО перечислило авансовый платеж филиалу, предназначенный иностранному контрагенту, а филиал перечислил его иностранной компании и, выступая налоговым агентом, исчислил, удержал у иностранной компании и уплатил НДС. Затем филиал выставил счет-фактуру ООО на предоплату и отразил налог по спорным услугам в налоговой декларации за I квартал 2011 года.

По результатам камеральной проверки представленной филиалом декларации инспекция отказала в вычете ввиду непредставления счета-фактуры продавца услуг и отсутствия права на заявление вычета по авансовым платежам.

Суд первой инстанции (дело № А55-3209/2012) признал решение инспекции недействительным. Апелляция отменила его решение, указав что пункт 9 статьи 172 НК (в соответствии с которым вычеты предоставляются на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при получении предоплаты) не распространяется на налоговых агентов – покупателей, исчисляющих и уплачивающих в бюджет налог с сумм предварительной оплаты товаров (работ, услуг), до момента их принятия на учет, в связи с отсутствием у них счетов-фактур, выставленных продавцами (в данном случае иностранной компанией).

Поэтому налог, уплаченный налоговыми агентами, подлежит вычету в соответствии с пунктом 3 статьи 171 НК при наличии счета-фактуры, составленного при предварительной оплате услуг, и только после принятия их на учет при наличии соответствующих первичных документов.

В данном случае филиалом на учет спорные услуги не приняты, следовательно, налоговый вычет заявлен неправомерно. Кассация и коллегия судей ВАС согласились с выводами апелляции - в передаче дела в президиум ВАС для пересмотра в порядке надзора компании отказано.