В письме от 8 июля 2014 г. N ГД-4-3/13250@ ФНС рассмотрела вопросы заполнения счетов-фактур и заявлений о ввозе товаров и уплате косвенных налогов, составляемых импортерами, находящимися в странах Таможенного союза, если экспортируется в эти страны товар российской организацией через ее обособленное подразделение.

Счета-фактуры по отгруженным товарам могут выписываться обособленными подразделениями только от имени организаций. При этом при заполнении счетов-фактур по товарам, реализованным организацией через обособленное подразделение, в строке 2б "ИНН/КПП продавца" счета-фактуры указывается КПП соответствующего обособленного подразделения, а в строке 3 "Грузоотправитель и его адрес" - наименование и почтовый адрес данного обособленного подразделения.

Для подтверждения обоснованности применения нулевой ставки НДС и (или) освобождения от уплаты акцизов в налоговый орган одновременно с налоговой декларацией экспортер представляет упомянутое выше заявление о ввозе. Оно составляется импортером и должно иметь отметку налогового органа страны ТС, на территорию которой импортированы товары.

При заполнении первого раздела заявления в строках "Продавец/Покупатель" налогоплательщиком РФ указывается ИНН/КПП.

Налоговые органы государств - членов ТС обмениваются информацией о суммах уплаченных косвенных налогов, налоговых льготах (об освобождении от налогообложения) в форме реестров заявлений в виде файлов.

Чтобы российский налоговый орган по месту постановки на учет экспортера мог получить данную информацию от налогового органа другой страны ТС, необходимо проставить в заявлении КПП данной российской организации, присвоенный по месту ее нахождения.

Таким образом, при составлении счетов-фактур по товарам, реализуемым на экспорт российской организацией через структурное подразделение в страну ТС, допускается указание КПП головной организации-экспортера.