По результатам выездной проверки за 2003-2004 годы инспекция срезала расходы по нескольким контрагентам, уменьшив убытки. В 2006 году (после проверки) компания представила уточненки, учтя эти исключения и увеличив налоговую базу. Уплата налога произведена путем зачета имеющейся переплаты по НДС. Поскольку инспекция наложила на компанию штраф, последняя обратилась в суд. Решением суда, вступившим в силу в 2009 году, доначисление налога и штрафа признано недействительным, а спорные расходы - документально подтвержденными и экономически обоснованными.

В результате получилось, что в 2006 году фирма излишне уплатила налог за 2003, 2004 годы. Поэтому 20.03.2013 она представила в инспекцию уточненную налоговую декларацию по налогу на прибыль за 2009 год.

По результатам камеральной проверки этой декларации инспекция сочла, что компания завысила внереализационные расходы на сумму спорных затрат 2003-2004 года, и доначислила налог на прибыль.  

ИФНС отметила, что положения пункта 1 статьи 54 НК, предусматривающие возможность корректировки налоговой базы в случаях, когда ошибки привели к излишней уплате налога, вступили в силу лишь с 01.01.2010, а следовательно, не могут применяться при определении налоговой базы по налогу на прибыль за 2009 год. К тому же, по мнению инспекции, исключение спорных расходов не привело к излишней уплате налога на прибыль, так как финансовый результат деятельности компании за 2003-2004 годы был отрицательным, и налог к уплате в бюджет отсутствовал.

Суды трех инстанций (дело № А76-17404/2013) признали и это решение инспекции недействительным.

Акты законодательства о налогах и сборах, устраняющие или смягчающие ответственность за нарушение законодательства, устанавливающие дополнительные гарантии защиты прав налогоплательщиков, имеют обратную силу (пункт 3 статьи 5 НК). Положения статьи 54 НК, по мнению судов, устанавливают такие дополнительные гарантии.

Следовательно, компания правомерно применила вышеуказанные положения, обнаружив в 2009 году искажение налоговых обязательств за 2003, 2004 годы (в связи с вступлением в законную силу судебных актов) и подав уточненную декларацию за 2009 год.

В решении кассации также указано: «невключение расходов в налогооблагаемую базу предыдущего периода влечет за собой завышение налоговой базы как в случае положительного финансового результата в данном периоде, так и в случае отрицательного результата (занижение убытка текущего периода)».         

Начиная с 2006 года финансовый результат компании был положительным, и налог на прибыль мог быть уменьшен на убытки прошлых лет (2003-2004). Исключение спорных расходов за 2003 - 2004 годы привело к занижению суммы убытка, переносимого на будущее, а значит, оно должно рассматриваться как приводящее к излишней уплате налога.