По результатам выездной проверки ИФНС доначислила ООО «А» налог на прибыль, НДС, а также пени и штраф, по операциям с контрагентами ООО "Б" и ООО "Т", у которых проверяемый налогоплательщик приобретал товары.

В отношении закупок товара (реагентов) у ООО "Т" инспекцией установлено, что доставка товара до ООО "А" осуществлялась железнодорожным транспортом непосредственно от производителя (ООО "У"). При этом по его документам товар поставлялся в адрес еще одного посредника, который затем продал товар ООО "Т".  

В отношении закупок товара у ООО "Б" инспекция также установила доставку товара к ООО "А" железнодорожным транспортом от производителя - ЗАО "С". В данном случае ООО "Б" также было вторым посредником в цепочке продаж от производителя.

В результате инспекция исключила из состава расходов наценку посредников, по мнению инспекции, сформированную искусственно. Таким образом, налоговики учли в расходах стоимость товаров по ценам производителей.

При этом ООО "А" представило договоры поставки, счета-фактуры, товарные накладные, платежные документы. Факт получения товара подтвержден железнодорожными накладными.

Проанализировав представленные документы, суды трех инстанций (дело № А21-2534/2013) сочли недостаточным доказательством нереальности хозяйственных операций отгрузку товара напрямую от производителя.

В решении кассации указано: "применяемая налогоплательщиком схема покупки товара является обычной практикой делового оборота, при которой посреднику нет необходимости непосредственно физически принимать товар у производителя с передачей на свой склад и последующей физической отгрузкой со склада покупателю, поскольку в данном случае товар отгружается непосредственно от производителя до конечного покупателя".

Кроме того, невозможность заключения договора напрямую с производителем подтверждена письмом об официальных представителях производителя в регионе.

Бесспорных доказательств получения необоснованной налоговой выгоды инспекция не представила, взаимозависимость компаний не установлена, так что суды признали решение ИФНС недействительным.