В период действия договора аренды офисного помещения компания с согласия арендодателя произвела силами подрядчиков улучшения арендуемого имущества: устройство перегородок, полов, подвесного потолка, сантехнические работы, монтаж потолка, окон, монтаж системы противопожарной сигнализации, пожаротушения и системы оповещения, реконструкция системы вентиляции и кондиционирования воздуха.

По результатам работ у арендатора сформированы новые объекты основных средств, учтенные на счете 01 "Основные средства". По этим объектам до момента передачи арендодателю начислялась амортизация, ее суммы учитывались при налогообложении прибыли в составе расходов.

По истечении двух лет договор аренды был досрочно расторгнут. В соглашении о расторжении договора стороны определили остаточную стоимость улучшений (фактические затраты за вычетом амортизации). Причем, остаточная стоимость отделимых улучшений на сумму 3 миллиона рублей была определена с выделением НДС по ставке 18%, а стоимость неотделимых улучшений на сумму 14,5 миллионов рублей - без учета НДС.

Арендодатель возместил эти суммы. Компания стоимость отделимых улучшений включила в налогооблагаемые доходы от реализации, сумму НДС отразила в книге продаж. Стоимость же неотделимых улучшений была списана в полном объеме со счета 01 на счет 76 "Расчеты с разными дебиторами и кредиторами" и не учтена в составе доходов от реализации. НДС в бюджет уплачен не был.

Проведя выездную проверку, ИФНС вынесла решение о необходимости внести в бюджет НДС со стоимости неотделимых улучшений, а остальную сумму возмещения учесть в составе налогооблагаемых доходов. Вынося решение, налоговики опирались на статьи 38 "Объект налогообложения» и 39 «Реализация товаров, работ или услуг" НК. 

Компания, не согласившись с ИФНС, обратилась в суд (дело № А45-12766/2013).

Суды первых двух инстанций согласились с налогоплательщиком, однако кассация отменила судебные акты этих судов и приняла новое решение. Решение ИФНС было оставлено в силе.

Кассация указала, что судами первой и апелляционной инстанций не учтены положения статей НК, на которые ссылались налоговики.

В соответствии с пунктом 1 статьи 39 НК, напомнил суд, реализацией товаров, работ или услуг признается передача на возмездной основе права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица. Фактически в данном случае арендатор передал неотделимые улучшения в собственность арендодателя и получил возмещение.

Согласно же пункту 1 статьи 38 НК объект налогообложения – реализация товаров (работ, услуг), доход или иное обстоятельство, имеющее стоимостную, количественную или физическую характеристику, с наличием которого налоговое законодательство  связывает возникновение у налогоплательщика обязанности по уплате налога. Суд заключил: поскольку неотделимые улучшения имеют стоимостную и физическую характеристику, арендодатель перечислил арендатору их остаточную стоимость, "следовательно, их передача является реализацией и подлежит включению в налоговую базу по исчислению НДС и налога на прибыль".

Эти выводы, отметил суд, подтверждаются и тем, что затраты на производство улучшений формировались заявителем на счете 08 "Вложения во внеоборотные активы", а затем были учтены на счете 01. По этим объектам начислялась амортизация, суммы которой учитывались в составе налогооблагаемых расходов, а суммы НДС, уплаченного подрядным организациям, учитывались в составе налоговых вычетов.