С 2008 по 2012 годы компания проводила капитальное строительство объекта подрядным способом. Во втором квартале 2012 года объект был введен в эксплуатацию. Компания подала в ИФНС за 2 квартал 2012 года декларацию по НДС, в которой заявила к вычету НДС по работам, услугам, связанным с подготовкой к строительству и строительством здания за весь период работ.

В подтверждение обоснованности вычетов компания представила в налоговый орган договоры, акты приемки выполненных работ и счета-фактуры.

Налоговая провела камеральную проверку и отказала в возмещении части НДС по работам, принятым компанией с 2008 года по 1 квартал 2009-го в связи с пропуском трехгодичного срока, предусмотренного в пункте 2 статьи 173 «Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет» НК.

Фирма считала, что срок ею не пропущен, по ее мнению, право на вычет по строительным работам возникло только в квартале, когда объект введен в эксплуатацию и принят на учет в качестве основного средства. Компания обратилась с иском в суд (дело № А52-1260/2013).

Однако суды трех инстанций разделили позицию налоговиков. Судьи указали, что в связи с изменениями в налоговом законодательстве с 1 января 2006 года «не предусмотрено при осуществлении капитального строительства предоставление вычетов НДС по мере постановки на учет объектов завершенного капитального строительства». Согласно действующей редакции пункта 5 статьи 172 НК «Порядок применения налоговых вычетов» вычеты НДС, предъявленного подрядными организациями при проведении капитального строительства, производятся в общеустановленном порядке, то есть по мере принятия выполненных работ на учет.

Как следует из материалов дела и не опровергнуто компанией, приобретенные работы, услуги приняты ею на учет на счет 08 «Вложения во внеоборотные активы» в периоды, соответствующие получению счетов-фактур.

Поэтому суды пришли к выводу, что все условия, предусмотренные налоговым законодательством для предъявления НДС к вычету, были соблюдены налогоплательщиком в налоговые периоды, соответствующие получению счетов-фактур и принятию работ (услуг) к учету.

Отклонена судами ссылка заявителя и на то, что в договоре строительного подряда отсутствовало условие о поэтапной сдаче выполненных работ, а риск случайной гибели переходил к заказчику с момента передачи ему полностью законченного строительством объекта, поскольку указанные обстоятельства не влияют на право налогоплательщика применить налоговый вычет согласно пункту 5 статьи 172 НК.