Компания при регистрации в 2008 году подала заявление на упрощенную систему налогообложения. Однако занималась грузоперевозками, а данная система подпадала под ЕНВД. Компания отчитывалась по «вмененке» и по УСН подавала «нулевки».

С 1 января 2012 года фирма решила перейти на общую систему, так как поменяла вид деятельности. Однако уведомление в налоговую о своем решении в установленные сроки не предоставила.

По результатам первого квартала организация отчиталась по налогу на прибыль и НДС. ИФНС приняла обе декларации, не усмотрев в них каких-либо ошибок. 

В декларации по НДС компания заявила сумму к возмещению. В рамках камеральной проверки налоговики истребовали документы, подтверждающие право на заявленную сумму НДС к вычету. В мае компания представила все необходимые документы, замечаний по которым налоговый орган не выявил.

В июле того же года фирма получила уведомление о том, что обязана уплатить НДС по всем выставленным ею счетам-фактурам, так как применяет УСН, и не имеет права принимать к вычету уплаченный поставщикам НДС. Налоговый орган обнаружил отсуствие уведомления о прекращении применения УСН и сослался на пп.1 п.5 ст. 173 НК: компании, освобожденные от уплаты НДС, но выставляющие счета-фактуры с выделением в них НДС, обязаны уплатить его в бюджет.

Однако налоговикам, посчитавшим, что компания должна применять УСН, данный факт не помешал проверить правильность исчисления налога на прибыль, и в августе того же года - потребовать от компании пояснений по поводу расхождений суммы реализации по двум декларациям (по НДС и налогу на прибыль).

Фирма обратилась в арбитражный суд с требованиями признать применение ею общей системы и учесть вычеты по НДС (дело № А68-276/2013).

Суды трех инстанций подтвердили правильность позиции налогоплательщика, ведь переход с УСН осуществляется добровольно по истечении соответствующего календарного года. Определяющим фактором для выяснения вопроса о правомерности применения или отказа в применении УСН является фактическое ведение хозяйственной деятельности в соответствии с выбранным режимом налогообложения с начала налогового периода. Подача заявления о прекращении применения УСН в инспекцию носит уведомительный характер. Последствий нарушения срока подачи уведомления не предусмотрено.

Кроме того, получив декларацию по налогу на прибыль, налоговики не сообщили о неправомерности ее сдачи, а после уплаты фирмой этого налога - о факте излишней уплаты, как это установлено пунктом 3 статьи 78 НК. То есть фактически признали организацию плательщиком налогов, предусмотренных ОСН.

Так что суды решили, что общий режим применяется правомерно и у налоговиков отсутствовали основания для доначисления НДС.