Компания из Великобритании осуществляла деятельность через филиал, зарегистрированный в РФ. В 2005-2007 годах на территорию РФ для выполнения субподрядных работ филиал ввез ТМЦ, которые выпущены в свободное обращение условно с предоставлением льгот по уплате таможенных пошлин и налогов.

При проверке соблюдения ограничений по использованию и распоряжению условно выпущенными товарами таможенным органом было установлено отсутствие части ввезенных ТМЦ, а также документов, подтверждающих их использование для выполнения указанных работ, что послужило основанием для перевода ТМЦ в режим свободного обращения, в связи с чем в 4 квартале 2011 года филиалом уплачены таможенные платежи и НДС, который заявлен к вычету. Данные товары отражены филиалом на забалансовом счете. В декабре 2012 года филиал снят с учёта в налоговом органе в связи с завершением строительства и прекращения деятельности в РФ.

По результатам камеральной проверки декларации по НДС за 4 квартал 2011 года, представленной филиалом, инспекция отказала в возмещении НДС, уплаченного в составе авансовых таможенных платежей в сентябре-октябре 2011 года по товарам, ввезенным на территорию РФ в период с 2005 по 2007 годы. Инспекция указала на несоблюдение филиалом условий для применения налогового вычета, в частности, на неподтвержденность использования спорных товаров при осуществлении операций, признаваемых объектами налогообложения НДС. Компания обратилась в суд (дело № А59-4406/2012) с заявление об обязании возместить из бюджета спорный НДС.

Суды первой и апелляционной инстанции, удовлетворяя заявленные требования, сочли достаточными для подтверждения налоговых вычетов следующие документы: ГТД, платежные поручения о внесении авансовых платежей на счет таможни, подтверждение уплаты таможенных платежей, оборотно-сальдовые ведомости по счету 68.2 «Расчеты по НДС, «Материалы ГТД», по счёту 19.4 НДС по работам (услугам). Учет спорных ТМЦ на забалансовом счёте «Материалы;  ГТД», по мнению судебных инстанций, не противоречит положениям статьи 172 НК, так как она не устанавливает на каком конкретно счете (балансовом, забалансовом) подлежат учету товары для применения налогового вычета.

Кассация, отменяя решение судов, разъясняет, что для применения налоговых вычетов необходимо подтвердить уплату НДС, получение и оприходование ТМЦ и ввоз товаров для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения НДС. Оборотно-сальдовые ведомости содержат информацию о перечислении таможне спорной суммы и не являются первичными документами, подтверждающими оприходование ТМЦ в 2005-2007 годах.

Приемка и оприходование поступающих товаров оформляется приходными ордерами, либо проставлением на документе поставщика штампа, в оттиске которого содержатся те же реквизиты, что и в приходном ордере. При этом учет товаров на забалансовом счете также производится на основании первичных документов. 

Кроме того кассация разъясняет, что снятие налогоплательщика - иностранного юридического лица - с учета в инспекции РФ исключает возможность применения налоговых вычетов по НДС и возврат НДС из бюджета, в соответствии с главой 21 НК. 

Коллегия судей ВАС согласилась с кассацией и отказала компании в передаче дела в Президиум ВАС для пересмотра в порядке надзора.