Компания, являвшаяся плательщиком  УСН, утратила это право с 01.07.2008 и применяла общую систему налогообложения. В результате выездной проверки, установив неполное декларирование сумм дохода, инспекция доначислила компании налог на прибыль, а также минимальный налог по УСН, пени и штраф. Компания обратилась в суд (дело № А34-2618/2012).

Суды первой и апелляционной инстанции удовлетворили заявленные требования только в части минимального налога по УСН, посчитав, что он должен начисляться только за календарный год, а в данном случае компания утратила право на применение УСН в середине налогового периода. Отказывая в удовлетворении требований в части начисления налога на прибыль суды сочли, что инспекцией установлена действительная налоговая обязанность компании.

Инспекцией определены источники доходов - выручка от перевозки льготных категорий граждан, от реализации разовых купон - талонов, от пассажирских перевозок, от сдачи в аренду транспорта, от реализации основных средств и прочие доходы. Довод компании о том, что частично выручка представлена займами, судами не принят. Первичные документы о поступлении займов были представлены только в суд, однако суды пришли к выводу о неподтвержденности заемных операций и сомнительности данных документов. При этом пояснений, как часть выручки стала займом, представлено не было.

В соответствии со статьей 313 НК налоговым учетом является система обобщения информации для определения налоговой базы по налогу на основе данных первичных документов, сгруппированных в соответствии с порядком, установленным НК. Поскольку компания не представила документы налогового учета, то инспекция правомерно установила сведения о виде и размере поступивших денежных средств на основании первичных бухгалтерских документов компании и ее контрагентов.

Кассация не согласилась с судами, признав правомерным решение инспекции в части доначисления минимального налога за 2008 год. Если сумма налога по УСН, исчисленная за налоговый период, меньше суммы минимального налога (1% от суммы доходов), то уплате подлежит минимальный налог (статья 346.18 НК). Согласно статье 346.19 НК налоговым периодом по УСН признается календарный год, отчетными периодами - первый квартал, полугодие и девять месяцев календарного года.

Но в данном случае налоговым периодом применительно к УСН являются шесть месяцев 2008 года. Данная позиция изложена в постановлении ВАС по делу № А43-36999/2011, в соответствии с которой утрата права на УСН в середине года не освобождает от уплаты минимального налога. Следовательно компания обязана уплатить минимальный налог, начисленные суммы пеней и штрафов, так как налоговая база и сумма налога к уплате должны были быть ею определены по состоянию на 30.06.2008.