По результатам камеральной проверки декларации по НДС за 2 квартал 2012 года компании предложено доплатить 5,4 млн налога, штраф и отказано в возмещении суммы НДС. Основанием явилось уменьшение налоговой базы по НДС спорного периода на сумму ошибки, выявленной при проведении налогового аудита во 2 квартале 2012 года, проявившейся в завышении налоговой базы в 2008 году. Налоговый орган признает излишнюю уплату налога, но считает, что налоговая база должна быть скорректирована в периоде совершения ошибки.

Суды трех инстанций (дело № А55-7739/2013), удовлетворяя требования компании, разъясняют следующее.

В соответствии с пунктом 1 статьи 54 НК компании исчисляют налоговую базу по итогам каждого налогового периода на основе регистров учета. При обнаружении ошибок за прошлые периоды в отчетном периоде перерасчет налоговой базы и суммы налога производится за период, в котором были совершены указанные ошибки. В случае невозможности определения периода совершения ошибок, перерасчет налоговой базы и суммы налога производится за период, в котором выявлены ошибки.

При этом налогоплательщик вправе поступить так и в отношении ошибок, которые привели к излишней уплате налога. Несмотря на то, что это правило вступило в силу с 01.01.2010, суды применяют его в рассматриваемом случае, поскольку оно устанавливает дополнительные гарантии защиты прав налогоплательщиков. Довод инспекции о пропуске трехлетнего срока не принят судами, также со ссылкой на статью 54 НК, которая этого условия не содержит.

В решении кассации указано: «налогоплательщик, выявивший в прошлом налоговом периоде (2008 год) ошибки (искажения), которые привели к излишней уплате налога на добавленную стоимость, вправе провести перерасчет налоговой базы и суммы налога за налоговый (отчетный) период, в котором выявлены такие ошибки (2012 год)».