В письме от 2 декабря 2013 г. N 03-07-14/52321 Минфин указал, что если приобретенные товары не используются налогоплательщиком для операций, облагаемых НДС, то оснований для принятия к вычету сумм налога, предъявленных при их приобретении, не имеется.

В связи с этим, по мнению ведомства, ИП, прекращающий предпринимательскую деятельность, должен представить в налоговый орган уточненные декларации по НДС за те налоговые периоды, в которых суммы этого налога приняты к вычету по товарам, остающимся в собственности физлица после прекращения им деятельности. Следует уменьшить налоговые вычеты на суммы налога по таким товарам в соответствующей доле, в частности, с остаточной стоимости нежилого помещения.

При этом при дальнейшей продаже такого помещения имущественный вычет по НДФЛ физлицо получить будет не вправе. Причина в том, что помещение использовалось в деятельности и сдавалось в аренду, значит, его реализация относится к продаже имущества в связи с осуществлением предпринимательской деятельности.