По результатам выездной проверки ИП инспекция доначислила налоги, в том числе НДФЛ и НДС, а также пени и штраф. Основанием для доначисления НДФЛ послужило отнесение к расходам затрат на монтаж системы автоматической пожарной сигнализации, а по НДС - неправомерное заявление, по мнению инспекции, налоговых вычетов по НДС с сумм компенсации расходов по коммунальным платежам, выставляемым предпринимателю арендодателями по условиям договора. Не согласившись с решением инспекции, ИП обратился в суд (дело № А41-44545/2012), ссылаясь также на нарушение процедуры проведения проверки.

Проверка была назначена решением от 25 ноября 2011 года, при этом согласно содержащимся в акте проверки от 31 мая 2012 сведениям налоговики начали направлять запросы и проводить мероприятия налогового контроля с 21 сентября 2011 года. В статье 89 НК установлен двухмесячный срок для проведения выездной налоговой проверки. Суды трех инстанций указывают, что в данном случае налоговым органом были нарушены сроки проведения проверки.

Суды разъясняют, что расходы на монтаж системы автоматической охранно-пожарной сигнализации в принадлежащем ИП производственном помещении относятся к расходам на обеспечение пожарной безопасности и на основании статьи 264 НК подлежат учету в составе прочих расходов, а, следовательно, могут быть отнесены ИП к составу расходов, уменьшающих налоговую базу для исчисления НДФЛ. 

По поводу вычетов входящего НДС по коммунальным услугам суды указали на следующее. Договорами между ИП (арендатор) и ООО "З",  ООО "Р" (арендодатели) предусмотрена компенсация всех расходов, связанных со стоимостью потребленной ИП электроэнергии, а также по другим коммунальным платежам. Учитывая, что предпринимателю выставлялись счета-фактуры с выделенной суммой НДС, и то, что данные услуги необходимы для ведения деятельности, суды указывают, что предприниматель имеет право на вычеты.