Во время проведения выездной налоговой проверки компании за 2007-2008 годы она обратилась к инспекции с заявлением о возврате переплаты по НДФЛ за 2007 год, с приложением подтверждающих документов. Инспекция оставила заявление без удовлетворения, сославшись на незавершенность проверки. Проверка не установила нарушений по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет НДФЛ. Возражения компании на акт проверки, касающиеся излишней уплаты НДФЛ за отдельные месяцы 2007 года, налоговым органом были отклонены со ссылкой на то, что положения НК не ставят ей в обязанности при проведении проверки отражать в акте документы, уточняющие сведения о доходах физических лиц, а также заявление о возврате переплаты по НДФЛ.

Через пять месяцев инспекция пригласила компанию провести совместную сверку расчетов по НДФЛ и запросила подтверждающие документы. Компания указала, что все они уже представлены, а переплата произошла за счет собственных средств. Инспекция сочла невозможным провести сверку расчетов из-за непредставления необходимых документов и отказала в возврате спорной суммы.

Посчитав, что право на возврат излишне уплаченных сумм НДФЛ нарушено, компания обратилась в суд (дело №  А40-63772/2011). Суды трех инстанций удовлетворили ее требования, коллегия судей ВАС отказала в передаче дела в президиум. Судами установлено, что сумма фактически уплаченного в бюджет в 2007 году НДФЛ превысила сумму НДФЛ, удержанную в том же периоде с доходов работников. В суде инспекция ссылалась на пропуск трехлетнего срока для возврата налога.

В соответствии со статьей 78 НК сумма излишне уплаченного налога подлежит зачету в счет предстоящих платежей налогоплательщика, погашения недоимки, либо возврату налогоплательщику. Заявление о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. Пункт 7 статьи 78 НК не препятствует в случае пропуска указанного срока обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы в порядке гражданского или арбитражного судопроизводства. В этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда юрлицо узнало о нарушении своего права. В данном случае, о наличии переплаты по НДФЛ компания узнала в период проведения налоговой проверки, следовательно обратилась в суд своевременно.

Суды указывают, что инспекция должна была и могла рассмотреть заявление в десятидневный срок, определить момент и причины возникновения переплаты и принять решение о возврате, однако уклонилась от этого.

Спорная сумма уплачена за счет собственных средств компании, и потому не может быть покрыта суммой НДФЛ, подлежащей перечислению в связи с выплатой работникам зарплаты в следующем налоговом периоде. Таким образом, спорная сумма является переплатой и подлежит возврату компании.

«Приняв во внимание действия и позицию инспекции, которая не приняла решение по существу заявленного налогоплательщиком заявления, ограничившись указанием на невозможность ни подтвердить, ни опровергнуть наличие переплаты,.. срок на судебную защиту должен исчисляться с момента нарушения налоговым органом права налогоплательщика на своевременный возврат», - указано в определении ВАС от отказе в передаче дела в надзор.