В письме от 22 октября 2013 г. N 03-07-09/44156 Минфин сообщил о действиях по выставлению счетов-фактур и исчислению НДС в случае, когда поставщик товара организует перевозку с привлечением третьих лиц, а покупатель компенсирует ему ее стоимость.

В отношении услуг по транспортировке товаров, оказываемых перевозчиком, счета-фактуры в этом случае продавцом товаров в адрес покупателя не выставляются, поскольку данные услуги продавцом товаров покупателю не оказываются.

В то же время денежные средства, полученные продавцом от покупателя в качестве возмещения расходов на услуги по транспортировке, подлежат включению в базу по НДС. При этом получателем вышеуказанных средств в книге продаж регистрируются счета-фактуры, составленные в одном экземпляре.

Суммы НДС, предъявленные при приобретении товаров (работ, услуг) на территории РФ, подлежат вычету в случае использования таких товаров (работ, услуг) для осуществления операций, облагаемых НДС. В связи с этим НДС, предъявленный перевозчиком по услугам по транспортировке товаров, подлежит вычету у продавца товаров в общеустановленном порядке.