В письме от 17 июля 2013 г. № АС-4-2/12722@ ФНС привела конкретные критерии, при соответствии которым налоговикам рекомендовано вызвать налогоплательщика на комиссию по легализации налоговой базы.

Во-первых, в зоне риска организации, показавшие убыток в декларации по налогу на прибыль. При этом уйти от комиссии налогоплательщику не поможет даже незаполнение строки 100 листа 02 декларации. Если она пуста, но при этом сумма расходов превышает объем задекларированных доходов, организация попадает в соответствующие списки ИФНС.

Во-вторых, инспектора определяют показатели налоговой нагрузки. По налогу на прибыль она определяется как отношение суммы исчисленного налога на прибыль к общей сумме доходов (строка 180 листа 02 к сумме строк 010 и 020 листа 02 декларации по налогу на прибыль) за отчетный (налоговый) период. При этом низкой для производственных фирм (или занятых в сфере работ или услуг) считается налоговая нагрузка менее 3%, для торговых организаций - менее 1%.

Если отношение суммы НДС, подлежащей вычету, к сумме исчисленного налога с налоговой базы составляет 89% и более, то это сигнализирует о низкой налоговой нагрузке по НДС.

Низкая налоговая нагрузка - повод вызвать налогоплательщика на комиссию. Высоки шансы туда попасть также у налогоплательщиков, заявляющих возмещение НДС.

В-третьих, удержание, но не перечисление НДФЛ может привести к тем же последствиям. В этой же нише те налоговые агенты, которые снизили поступления НДФЛ относительно предыдущего налогового периода более чем на 10%. При их отборе анализируется динамика с учетом информации, имеющейся в налоговом органе о среднесписочной численности и данных, представленных налогоплательщиком в ПФ. Если у организации имеются обособленные подразделения, то анализировать инспектора будут всю организацию в целом.

Рискуют быть вызванными "на разборки" также:

  • налоговые агенты, выплачивающие заработную плату ниже среднего уровня по видам экономической деятельности  в регионе. Особое внимание обращается на налоговых агентов, выплачивающих заработную плату ниже регионального прожиточного минимума;
  • ИП, заявившие профессиональный налоговый вычет в размере более 95% от общей суммы полученного за налоговый период дохода;
  • ИП, отразившие в налоговых декларациях по НДС выручку от реализации, при этом в 3-НДФЛ заявившие нулевой доход или вообще не декларацию по форме 3-НДФЛ за тот же период;
  • неотчитавшиеся физлица, продавшие недвижимость или транспорт, находившиеся в собственности менее 3-х лет;
  • налогоплательщики, в отношении которых имеется информация о получении дохода, содержащаяся в обращениях контрольно-надзорных ведомств, граждан, организаций;
  • налогоплательщики, имеющие признаки занижения налоговой базы, необоснованного применения налоговых льгот, налоговых ставок и пр. по другим налогам (например, по транспортному налогу, земельному налогу, налогу на имущество организаций, налог на имущество физических лиц).

ФНС также указала, что "серая" зарплата выплачивается за счет неучтенных финансовых потоков. Поэтому при поступлении информации о фактах выплаты неучтенной заработной платы, неофициальном оформлении трудовых отношений и тому подобному, анализ деятельности таких работодателей проводится не только по НДФЛ, но и по другим налогам.

Кроме того, для рассмотрения на заседании комиссии могут быть отобраны иные налогоплательщики. Например, те, по которым предполагалось проведение выездной проверки, предпроверочный анализ выявил нарушения, но при этом назначение выездных налоговых проверок является нецелесообразным по причине низкой предполагаемой эффективности.