В письме № АС-4-2/13622@ от 25.07.2013 ФНС подробно рассказала о предметах выездных налоговых проверок (ВНП).

Предмет проверки - конкретные налоги, или же проверка может проводиться «по всем налогам и сборам». Указание в качестве предмета проверки отдельных вопросов исполнения законодательства о налогах и сборах не допускается.

При проведении проверки налогоплательщиков, применяющих специальные налоговые режимы (главы 26.1 – 26.5 НК), предмет проверки указывается: «по всем налогам и сборам».

Период, за который проводится проверка, должен состоять из целого числа налоговых периодов по всем налогам, сборам, по которым назначена проверка. При этом выездная налоговая проверка может быть назначена не ранее наступления сроков представления налоговых деклараций за последний налоговый период по всем налогам, по которым назначена проверка.

При проведении проверки по нескольким или всем налогам и сборам (независимо от формулировки предмета проверки) рекомендуется устанавливать единый период, за который проводится проверка. При этом может не совпадать период по проверкам правомерности заявленных к возмещению сумм налогов, перечисления налоговыми агентами налогов в бюджет.

В рамках выездной налоговой проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки. Единственное исключение - подача налогоплательщиком уточненной декларации. При этом имеет значение, проводилась ли ранее ВНП по тому налогу и за тот период, за который представлена уточненка, так как в этом случае повторная ВНП по одному и тому же основанию не допускается, указывает ФНС в своем письме.

Налоговые органы не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных проверок в течение календарного года, напомнила ФНС. 

Поэтому налоговые органы должны "ориентироваться на проведение выездных налоговых проверок по всем налогам и сборам (комплексные выездные налоговые проверки)", а не по отдельным налогам.

ВНП по отдельным налогам (тематические) рекомендуются только в исключительных случаях.

В этом же письме ФНС указала, в каких случаях к проверке привлекаются сотрудники ОВД, а также о том, каким вообще может быть состав проверяющих, и как в решении о проведении ВПН учитывается проводимая реорганизация юрлица.