В письме № АС-4-2/13622@ от 25.07.2013 ФНС неоднократно остановилась на некоторых нюансах, связанных с проведением выездных налоговых проверок (ВНП) в обособленных подразделениях организации.

В рамках выездной налоговой проверки организации, имеющей обособленные подразделения, налоговый орган вправе проверять деятельность филиалов и представительств налогоплательщика. Организует проверку ИФНС по месту нахождения организации, или, если налогоплательщик отнесен к категории крупнейших, то соответствующая инспекция по крупнейшим. При этом данный орган заранее запрашивает в органе по месту обособленного подразделения выделение должностных лиц для проведения его проверки.

Решение о проведении проверки доводится до сведения руководителя филиала (представительства) и иного обособленного подразделения непосредственно после прибытия проверяющей группы на объект проверки.

Проведение выездной налоговой проверки в части филиала (представительства) и иного обособленного подразделения, в случае проверки организации в целом, не может быть начато ранее проведения проверки в части головной организации.

Налоговый орган по месту нахождения филиала или представительства вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку по региональным и (или) местным налогам. Не может проводиться две и более такие выездные проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период, а также более двух ВНП в течение календарного года. Срок проведения такой проверки не может превышать один месяц.

В этом же письме ФНС указала, в каких случаях к проверке привлекаются сотрудники ОВД, а также о том, каким вообще может быть состав проверяющих, и как в решении о проведении ВПН учитывается проводимая реорганизация юрлица. В ходе выездной проверки ФНС рекомендует охватывать максимальное количество налогов.