В письме от 27 июня 2013 г. N СА-19-9/123@ ФНС разъяснила некоторые аспекты проведения выездных проверок. В частности, налоговые органы не вправе проводить две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период.
Кроме того, не может проводиться в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года. Решение о превышении этого лимита может принять руководитель ФНС. Однако на повторные выездные проверки указанные ограничения не действуют.
Повторной проверкой признается выездная проверка, проводимая независимо от времени проведения предыдущей проверки по тем же налогам и за тот же период. Повторная проверка может проводиться вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку.
ФНС в своем письме привела пример. В отношении налогоплательщика было проведено две выездные проверки, каждая из которых охватывала определенный перечень налогов за определенные периоды, но эти периоды для двух проверок были разными. Первая по НДС, налогам на прибыль, на имущество, транспортному, ЕСН, страхвзносам, НДФЛ - за 2005-2007 годы, плюс НДФЛ за 2 месяца 2008 года. Вторая по тому же списку, кроме ЕСН - за 2008-2009 годы и плюс по НДФЛ за первый квартал 2010-го.
Кроме того, УФНС была проведена и повторная проверка. Охватила она только 2007 год, а из перечня проверенного первоначально убраны страхвзносы. При этом основанием для повторной проверки стал не только контроль за работой ИФНС, но и информация "о выявленных нарушениях законодательства РФ о налогах и сборах ЗАО за 2007 - 2009 гг., поступившая от Главного управления МВД России по Федеральному округу". Не исключено, что первое основание было лишь формальностью.
При этом ФНС в своем письме высказала мнение, что повторная проверка в данном случае проведена законно. В этом примере три выездных проверки, судя по "дробным" проверяемым периодам по НДФЛ, проводились в разные годы, хотя прямо об этом в письме не сказано.
