В письме от 27.06.2013 № 03-04-05/24421 Минфин России разъясняет:

В соответствии с пунктом 3 статьи 217 НК РФ возмещение расходов, которые несет сотрудник при использовании личного имущества для выполнения своих трудовых обязанностей, не облагается НДФЛ.

При этом размер возмещаемых расходов должен быть подтвержден соответствующими документами. В данном случае — это документы на право собственности сотрудника на автомобиль, расчет компенсации, путевые листы и другие документы, свидетельствующие о несении работником расходов.

Специалисты финансового ведомства обращают внимание на то, что в данном случае работник имеет право на компенсацию за использование своего личного имущества в служебных целях, предусмотренных статьей 188 Трудового кодекса.

Если бы речь шла об аренде автомобиля сотрудника, либо автомобиль не принадлежал ему по праву собственности, — в налоговую базу по НДФЛ необходимо было бы включить данные выплаты работнику и удержать налог (письмо Минфина России от 25.12.2012 № 03-04-06/3-366, Определение ВАС РФ от 15.05.2013 № ВАС-5640/13 по делу № А06-3662/2012).