Если основные средства были введены в эксплуатацию в периоде применения УСН, то после перехода на общий режим налогообложения НДС, уплаченный при их покупке, к вычету не принимается. Об этом напомнил Минфин России в письме от 27.06.13 № 03-11-11/24460.

Объяснение простое. Напомним, расходы на приобретение основных средств в период применения УСН учитываются при определении налоговой базы только с момента ввода этих ОС в эксплуатацию. Об этом сказано в подпункте 1 пункта 3 статьи 346.16 НК РФ. "Входной" НДС по товарам и материалам, приобретенным в период применения "упрощенки", можно принять к вычету после перехода на общий режим налогообложения при условии, если в период применения УСН эти суммы налога не учитывались в расходах при "упрощенке" (п. 6 ст. 346.25 НК РФ).

Соответственно, если основные средства введены в эксплуатацию в период применения УСН, значит, расходы на их покупку были учтены при расчете единого налога по УСН. Следовательно, после перехода на общий режим налогообложения НДС по таким основным средствам к вычету не принимается.