В письме от 31 мая 2013 г. N 03-07-14/19964 Минфин рассмотрел такую ситуацию: инвестор-ИП, применяя УСН, финансировал строительство здания. Затем перешел на общий режим и, применяя уже его, достроил здание и учел его на балансе.

Суммы НДС, предъявленные подрядной организацией, принимаются к вычету у налогоплательщика-инвестора, по счетам-фактурам, выставленным подрядчиком (застройщиком) по выполненным работам, и при условии принятия на учет работ, выполненных в объеме, определенном договором, а также при наличии соответствующих первичных документов.

Следовательно, у указанного ИП, осуществившего частичное финансирование строительства части объекта недвижимого имущества (нежилого здания) в период применения УСН, вычеты НДС по законченной капитальным строительством части объекта, принятой на баланс после перехода на общий режим, производятся на основании счетов-фактур, выставленных застройщиком.