Московское региональное отделение ФСС в своем письме от 29.04.13 № 14-15/10/5851 напомнило о требованиях к заполнению листка нетрудоспособности, установленных Порядком их выдачи.

В частности, записи в листке выполняются на русском языке печатными заглавными буквами чернилами черного цвета либо с применением печатающих устройств. Допускается использование гелевой, капиллярной или перьевой ручки. Не допускается использование шариковой ручки.

Однако отделение фонда считает возможным временно принимать к оплате больничные при наличии в них технических ошибок, не влияющих на величину выплачиваемого пособия и, до начала автоматизированной обработки листков нетрудоспособности, не препятствующих их обработке в ручном режиме.

То есть, судя по формулировке запроса, на который дан этот ответ - пока не автоматизирована обработка больничных, московский ФСС будет принимать их и в случае заполнения шариковой ручкой.