В письме от 16.04.13 № 03-05-05-01/12792 Минфин указал: капитальные вложения в нежилые помещения, произведенные арендатором, подлежат налогообложению налогом на имущество до их выбытия из состава основных средств арендатора в рамках договора аренды. Это действует, если стоимость неотделимых улучшений не возмещается арендодателем, и арендатор учитывает их у себя на балансе.

В подтверждение ведомство привело решение Высшего арбитражного суда РФ от 27.01.2012 N 16291/11. Компания ООО "Краснодар Водоканал" пыталась оспорить другое письмо Минфина - от 24.10.2008 N 03-05-04-01/37. В нем изложена позиция, которая воспроизводилась и в других более поздних письмах: "капитальные вложения, произведенные арендатором в виде неотделимых улучшений в арендованные объекты недвижимого имущества, учтенные в составе основных средств арендатора, возмещаемые (невозмещаемые) арендодателем, подлежат обложению налогом на имущество организаций до их выбытия в рамках договора аренды".

ВАС не стал признавать письмо несоответствующим законодательству, указав: "Поскольку до момента возврата арендованного имущества с неотделимыми улучшениями арендодателю либо возмещения последним произведенных расходов, именно арендатор признается лицом, произведшим капитальные вложения, приносящие ему экономические выгоды, на нем лежит обязанность по их отражению в бухгалтерском учете в составе основных средств".