В письме от 1 апреля 2013 г. N 03-07-14/10455 Минфин напомнил, что применяющие УСН не являются плательщиками НДС. В связи с этим операции по реализации товаров (выполнению работ, оказанию услуг), осуществляемые указанными организациями и ИП, не облагаются НДС.

Поэтому агентом, являющимся налогоплательщиком НДС и осуществляющим от своего имени операции по реализации покупателям товаров (работ, услуг) принципала, применяющего УСН, по таким операциям НДС не исчисляется.