Это следует из решения ВАС о признании недействующими положений одного из писем Минфина. Восстанавливать НДС следует только по основным средствам, используемым для реализации продукции, облагаемой по нулевой ставке, а не по ОС, с помощью которых она производится. Такую правовую позицию ВАС сформулировал исходя из буквального прочтения соответствующей нормы НК.

Организация обратилась в Высший арбитражный суд с заявлением о признании недействующими некоторых положений письма Минфина от 01.06.2012 N 03-07-15/56, которое в свое время ФНС разослала налоговым органам для обязательного использования в работе. В письме содержались разъяснения по поводу тонкостей восстановления НДС, принятого к вычету по приобретенным основным средствам, если они используются в производстве продукции, реализация которой облагается по ставке НДС 0%.

Норма НК, на которую ссылалось ведомство (подпункт 5 пункта 3 статьи 170), вступила в силу с 1 октября 2011 года. Формулировка, содержащаяся в данном подпункте, предписывает восстанавливать НДС в случае "дальнейшего использования товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, и имущественных прав для осуществления операций по реализации товаров (работ, услуг)", облагаемых по нулевой ставке.

Минфин в своем письме допустил неверную трактовку указанной нормы, поскольку использование ОС в производстве продукции и их использование "для осуществления операций по реализации товаров" - это не одно и то же. Из этого следует правовая позиция, изложенная в решении ВАС РФ от 26.02.2013 N 16593/12: "применительно к основным средствам правила, установленные подпунктом 5 пункта 3 статьи 170 Кодекса, относятся только к средствам труда, используемым в операциях по реализации товаров (работ, услуг), облагаемых ... по налоговой ставке ноль процентов. На основные средства, используемые налогоплательщиком при производстве продукции (товаров), указанные правила не распространяются, так как в указанном подпункте упоминание основных средств, используемых в производстве товаров (работ, услуг), отсутствует".

Кроме того, НК не содержит требований о ведении раздельного учета с целью восстановления НДС по ОС, если они используются в производстве разных видов продукции, облагаемых как нулевой, так и не нулевой ставками.

Письмо Минфина в той его части, в которой идет речь о восстановлении НДС по ОС, используемым в производстве продукции, признано недействующим.