Организация должна исполнять обязанности налогового агента по доходам работника, с которым заключен гражданско-правовой договор. Даже если в этом договоре есть условие о самостоятельной уплате НДФЛ сотрудником, предостерег Минфин в письме от 28.12.2012 № 03-04-05/10-1452.

Согласно пункту 2 статьи 226 НК РФ исчисление сумм и уплата налога производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент. Исключения составляют доходы, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со статьями 214.1, 214.3, 214.4, 227, 227.1 и 228 НК РФ. Но заключение гражданско-правового договора в эти исключения не входит, отмечает Минфин.