В письме от 24 сентября 2012 г. N ЕД-4-3/15909@ ФНС разъяснила, что плательщиками водного налога не признаются организации и физлица, осуществляющие водопользование на основании договоров водопользования или решений о предоставлении водных объектов в пользование, заключенных и принятых после введения в действие Водного кодекса.

Если водопользователь действует на основании лицензии или решения органа власти, датированных до 1.01.07, то он уплачивает водный налог до тех пор, пока не истечет срок лицензии или право водопользования не будет переоформлено в соответствии с положениями Водного кодекса. Плательщик водного налога обязан подавать декларацию по нему.

После того, как взамен этих лицензий водопользователь заключит договор или получит решение по правилам, предусмотренным новым Водным кодексом, он перестает быть плательщиком водного налога, и с него будет взиматься неналоговая плата за пользование водными объектами.