В письме Минфина от 03.08.2012 N 03-03-06/1/378 разъясняется, что на основании пп. 8 п. 1 ст. 265 НК РФ недоначисленная амортизация учитывается во внереализационных расходах только по тем ликвидируемым основным средствам, которые выводятся из эксплуатации, и только в том случае, если амортизация по ним начислялась линейно.

В случае частичной ликвидации объект основных средств не выводится из эксплуатации, следовательно, положения пп. 8 п. 1 ст. 265 НК РФ неприменимы в отношении учета недоначисленной амортизации по той части объекта основного средства, которая подлежала ликвидации.

При этом ведомство высказало дружественное налогоплательщикам мнение, что недоначисленная амортизация по ликвидируемым частям объектов ОС все-таки может приниматься в расходы. Основание - пп. 20 (другие обоснованные расходы) п. 1 ст. 265 (внереализационные расходы).

В письме также разъясняется порядок оформления частичной ликвидации ОС. Приказом руководителя предприятия должна быть создана комиссия, включающая главбуха и лиц, ответственных за сохранность объектов основных средств.

В акте о частичной ликвидации комиссия указывает причины такого действия (модернизация, реконструкция), определяет долю ликвидируемого имущества, исчисляемую в процентном отношении к объекту амортизируемого имущества.