Суммы отпускных указываются в справке формы 2-НДФЛ в том месяце, в котором они фактически были выплачены. При этом не имеет значения, за какие месяцы они были начислены. Если работодатель отзывает работника из отпуска и работник фактически не получил начисленные суммы отпускных, такие суммы отпускных в разд. 3 формы № 2-НДФЛ не отражаются.
Бухгалтеру нужно сделать перерасчет суммы отпускных и соответственно, удержанной ранее суммы НДФЛ. То есть сторнировать начисленные ранее суммы отпускных и суммы НДФЛ, а за отработанные работником дни начислить заработную плату и налог. (Письмо ФНС России от 09.04.2012 № ЕД-4-3/5888@).

