Минфин России в письме от 20.04.2012 №  03-02-07/1-97 разъяснил порядок предоставления региональными властями инвестиционного налогового кредита по региональным налогам.

Ведомство отметило, что субъекты Федерации могут вводить ограничения по  срокам действия инвестиционного налогового кредита, а также по его суммам. При этом ограничения по суммам кредита могут зависеть от оснований предоставления кредита. Основания перечислены в подпунктах 2-4 и 6 пункта 1 статьи 67 НК РФ. Это осуществление организацией инновационной деятельности, выполнение оборонного заказа, наличие статуса резидента зоны территориального развития и  др.

Региональные власти не вправе предоставить компании инвестиционный налоговый кредит, если в отношении этой компании возбуждено уголовное дело, проводится производство дело о налоговом нарушении или об административном нарушении. А  также если есть основания полагать, что компания использует получение налогового кредита для сокрытия своих денежных средств или налогооблагаемого имущества. Еще одна причина, по которой могут отказать в предоставлении инвестиционного налогового кредита, — если раньше налоговый орган уже выносил решение о прекращении действия ранее предоставленной отсрочки или рассрочки по  уплате налога.